Redacción- ¿Se imagina descubrir que existen compuestos ya creados que podrían funcionar contra el SARS-CoV-2 y que no se utilizaron porque, simplemente, a nadie se le ocurrió esa posibilidad? Cinco investigadores y una científica de la Universidad de Costa Rica (UCR) sí lo pensaron y, en estos momentos, están liderando un proyecto único en el país.
¿Su propósito? Identificar de forma rápida la existencia de moléculas inhibidoras de un componente clave que constituye el talón de Aquiles de todos los coronavirus, incluido el SARS-CoV-2: la proteasa Mpro, también llamada 3CLpro.
En términos simples, la proteasa Mpro es una molécula esencial para que cualquier coronavirus se replique en el cuerpo humano. Si se logra hallar un compuesto que la inhiba, existe la esperanza de frenar el avance de la enfermedad.
“Lo que deseamos con esta investigación en la UCR es analizar en tiempo récord información masiva de distintos compuestos de muchos tipos ya inventados que, si bien se destinan para otras enfermedades, podrían tener el potencial de neutralizar la replicación del virus”, indicó el Dr. Rodrigo Mora, microbiólogo de la UCR e investigador principal.
Al día de hoy, ya se han encontrado medicamentos orientados a tratar otras enfermedades que, al ser probados, muestran efectos iniciales positivos para frenar la replicación del SARS-CoV-2. Algunos de ellos solo están a la espera de resultados clínicos concluyentes, como lo es el remdesivir (creado inicialmente para tratar el ébola) y el favipiravir (antiviral japonés contra la influenza).
Así como se han identificado dichos medicamentos, podrían haber más compuestos con una mayor capacidad de reprimir el avance del virus. Esto es lo que justamente los investigadores de la UCR desean encontrar mediante dos acciones muy concretas: la creación de un sensor molecular y el desarrollo de una innovadora plataforma biocomputacional.
El Dr. Francisco Siles Canales, ingeniero eléctrico de la UCR y codirector del proyecto de investigación señaló que ya la UCR avanzó con el análisis de 31 500 compuestos. Lo que se necesita ahora es concluir el algoritmo de validación automático.
“En otras partes del mundo se ha realizado docking computacional. Sin embargo, nosotros estamos creando una métrica totalmente nueva, a nivel biológico y computacional. Las simulaciones de la dinámica molecular también llevan un proceso arduo de análisis. Por ejemplo, los compuestos pueden ser que calzen muy bien con la proteasa, pero ese acople podría ser temporal. Entonces, esa formulación serviría para bloquear a la Mpro menos de un segundo, cuando lo que deseamos es bloquearla de manera permanente. Adicional al algoritmo, también estamos ajustando en hardware para agilizar la corrida”, explicó Siles.
Otra de las mejoras informáticas será incorporar una unidad de procesamiento gráfico (GPU) para acelerar el proceso computacional.
Por otra parte, desde el ámbito de la microbiología, se nivelará la toxicidad de la proteasa en el mismo sensor. Esto es para que, en el laboratorio, la formulación no mate a las células de prueba.
